前作のドラマ『沈黙の艦隊 シーズン1 ～東京湾大海戦～』では、日米政府が極秘に建造した高性能原子力潜水艦を奪って反乱逃亡した海江田四郎（大沢たかお）が独立国〈やまと〉建国を宣言。海上自衛隊をも巻き込んだ東京湾での大海戦で米第7艦隊を圧倒し、国連総会に出席するためニューヨークへ針路をとった。今作ではそれに引き続き、原作で人気の潜水艦バトルシーンや、激震の衆議院解散総選挙が描かれる。

　そこで津田健次郎が演じるのは、民自党から独立する鏡水会の代表であり、シリーズを通して重要な役割を果たす大滝淳役。風吹ジュンは民自党最大派閥に所属し、日本の政治を長きに渡り支えてきた民自党幹事長・海渡真知子役を演じ、渡邊圭祐は海江田の真の目的を明らかにするため、フリージャーナリスト市谷（上戸彩）と行動を共にするフリーカメラマンの森山役を演じる。